Das 1970 eröffnete Museum auf der Löwenburg befindet sich im Gebäude der ehemaligen Käserei des Gutsbetriebs unterhalb der Ruine Löwenburg (Gemeinde Pleigne, JU).
Die verfallene Burgruine und der Gutshof Löwenburg wurden 1956 von der Christoph Merian Stiftung aus Basel erworben und 1963-1966 umfassend restauriert. Begleitend zu den Bauarbeiten wurden Grabungen durchgeführt, welche die Baugeschichte gut dokumentierten und auch Kleinfunde zutage förderten, die später Eingang ins Museum fanden. Die Anlage steht seither unter Denkmalschutz.

Das kleine historische Museum wurde Mitte der 1990er Jahre neu konzipiert und zeigt heute zwei Dauerausstellungen: Im alten Käsekeller sind urgeschichtliche Funde aus einer nahe gelegenen Silex-Verarbeitungsstätte sowie Fossilien und Informationen zur Geologie zu sehen; im Obergeschoss befindet sich eine Ausstellung mit mittelalterlichen Funden aus der Umgebung der Burgruine (darunter Ofenkacheln, Waffen, Jagd- und Arbeitsgeräte, ein Wasserkessel und ein wertvolles Stück Papiersiegel) sowie Modelle und Pläne zur Bau- und Rekonstruktionsgeschichte und zum Leben auf der Löwenburg.
Im Gutshof und auf dem Umland betreibt die Christoph Merian Stiftung einen der grössten Bio-Landwirtschaftsbetriebe der Schweiz.